Seit Dezember 2011 ist die Abteilung 2 des Ministeriums nach dem Atomgesetz auch Genehmigungs- und Aufsichtsbehörde in Bezug auf die Stilllegung und den Abbau des Kernkraftwerks in Lubmin/Rubenow, das Abfalllager des Zwischenlagers Nord (ZLN) sowie für die Entsorgung über die beim Rückbau anfallenden Stoffe. Für das Transportbehälterlager des ZLN ist sie atomrechtliche Aufsichtsbehörde. Schließlich gehört zu ihren Aufgaben die Fachaufsicht über die Landesanstalt für Personendosimetrie und Strahlenschutzausbildung in Berlin sowie über die Abteilung Strahlenschutz des Landesamtes für Umwelt und Geologie in Güstrow.